Более упорядоченные и правильные по форме цистерны ГЭС #1, #2, покрытые рибосомами, без отчетливой границы переходят во фрагменты агранулярной эндоплазматической сети #1, #2, #3, лишенной рибосом. В клетках печени (гепатоцитах) и некоторых других клетках цистерны АЭС действительно формируют довольно причудливый и неровный лабиринт, который занимает достаточно большой объем цитоплазмы. В гепатоцитах на долю мембран АЭС приходится 10-15% всех мембран клетки. В клетках, синтезирующих стероидные гормоны (кора надпочечников, клетки половых желез) АЭС преобладает. В гепатоцитах АЭС хорошо развита у желчного полюса клетки, поскольку она является основным продуцентом компонентов желчи. Здесь же происходит перевод токсичного билирубина в его нетоксичную, конъюгированную, форму, которая выделяется с желчью. АЭС печени является основной органеллой, осуществляющей ее детоксифицирующую функцию.

Липопротеины очень низкой плотности (LVLD), переносящие холестерол и другие липиды, синтезируются и в ГЭС (белковый компонент), и в АЭС (липиды). Тесные пространственные взаимоотношения между АЭС и гранулами гликогена #1, #2, #3, подчеркивают их функциональные связи, поскольку АЭС участвует в метаболизме этого полисахарида. Гликоген является также основным "сырьем" для производства энергии митохондриями #1, #2.